AlleleID 物種識別和分類鑒別的綜合軟件介紹

時間：2020-12-04作者：北京天演融智軟件有限公司瀏覽：198

細菌鑒定的實驗設(shè)計

AlleleID是一款旨在解決細菌鑒定、病原體檢測或物種鑒定的綜合性桌面工具。以CulsSTW多序列比對為**，AlleleID可以設(shè)計用于物種識別/交叉物種鑒定的基因芯片探針以及用于實時PCR的SYBR Green, TaqMan MGB, TaqMan探針, Molecular Beacons以及實時PCR引物。AlleleID還提供了支持可變剪切片段檢測的微陣列實驗設(shè)計。

物種鑒定分析/跨物種實驗/等位基因鑒定分析

AlleleID使用ClustalW對序列進行排列，并分析保存和物種特定區(qū)域。您可以使用程序進行實時PCR引物設(shè)計（包含SYBR Green引物設(shè)計）和雙標(biāo)簽探針設(shè)計（TaqManprobes,

TaqMan MGB and molecular beacons）。這些檢測方法只用于進行菌株檢測或從混合菌株中找到感興趣的物種。為了進行交叉物種試驗，AlleleID通過識別保守區(qū)域來設(shè)計通用探針。對于相關(guān)的生物體，當(dāng)研究物種的基因組草圖不可用時，可以使用AlleleID來研究其基因表達。這些強大的功能可以幫助解決了很多具有挑戰(zhàn)性的難題，例如的檢測、鑒定、定量以及污染物、環(huán)境等的監(jiān)測。

檢測成功的復(fù)雜算法

高度特異性寡核苷酸通過回避自動注釋BLAST搜索結(jié)果找到的顯著同源性區(qū)域而設(shè)計。實時定量PCR引物和探針阻止模板形成二級結(jié)構(gòu)提升效率。"Minimal

Set"，該程序較具創(chuàng)新性的特點之一，有助于設(shè)計較少數(shù)量的等位基因特異性寡核苷酸引物和雙標(biāo)記探針，其*特地識別來自混合物的所需物種/菌株/類群中的每一個，降低化驗成本。對于類群或跨種分析，當(dāng)類群或類群高度不同時，該特征尤其有用。對于一組預(yù)先設(shè)計的、經(jīng)過驗證的引物集合，AlleleID可以設(shè)計兼容的引物和探針的其余序列的物種鑒定或類群特異性檢測。

廣泛支持實時或定量PCR檢測和SNP/表達微陣列AlleleID可以設(shè)計較優(yōu)的SYBR

Green引物、TaqMan探針、TaqMan Minor Groove Bingding

(MGB)探針、FRET探針或者分子信標(biāo)，用于實時定量PCR差異基因表達SNP基因型分類試驗。您也可以設(shè)計實時PCR引物和雙標(biāo)記探針多達一萬個序列在一個單一的運行SNP檢測或表達微陣列。

設(shè)計Luminex xMAP試驗基于Luminex’s

xMAP技術(shù)，AlleleID可以設(shè)計應(yīng)用于懸浮陣列系統(tǒng)的應(yīng)變-微分多重分析設(shè)計。如果您研究的是密切相關(guān)的生物體，這個功能可以幫助您在一個反應(yīng)體系中進行等位基因特異性引物延伸（ASPE）和DHA檢測。

多路連接依賴探針擴增（MLPA）檢測拷貝數(shù)和突變檢測

AlleleID是一設(shè)計MLPA合成探針或者由MRC Holland引入的多重連接依賴探針擴增技術(shù)的程序，當(dāng)合適的工具包不可用時，研究人員能夠擴展這項技術(shù)。這是一種快速增長的高通量基因圖譜分析方法?？梢詸z測外顯子缺失、拷貝數(shù)變化和CpG甲基化模式。具有成本效益合適、敏感性高、特異性好和可再生性好等特點。

AlleleID為PamGene檢測設(shè)計了mRNA特異性,DNA特異性和突變特異性MLPA探針。這將使PamChip用戶在使用PamGene高精度檢測平臺時設(shè)計自己感興趣的基因探針檢測。結(jié)合這兩種技術(shù)，拷貝數(shù)的變化和突變可以很*地在6小時內(nèi)檢測到。

功能特征

物種鑒定試驗

基因芯片的基因拼接/選擇性剪接

外顯子連接引物設(shè)計

實時PCR引物設(shè)計

TaqMan探針設(shè)計

SyBR綠色底漆設(shè)計

分子信標(biāo)設(shè)計

FRET探針設(shè)計

微陣列探針設(shè)計

精密化驗設(shè)計

數(shù)據(jù)庫支持

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  詞條說明

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