SnapGene 8.0 較新發(fā)布

時(shí)間：2024-11-22作者：北京天演融智軟件有限公司瀏覽：50

以下文章來(lái)源于SnapGene ，作者SnapGene 

概述

SnapGene 8.0 帶來(lái)了全新的外觀和體驗(yàn)，主要針對(duì)數(shù)據(jù)查看器，具備批量注釋和數(shù)據(jù)操作的新功能，以及針對(duì)參考序列編輯比對(duì)的新方法。

使用特征和引物批量注釋您的質(zhì)粒

快速檢測(cè)常見(jiàn)特征，并從列表中將引物添加到項(xiàng)目文件夾面板中選定的多個(gè)序列上，更改序列屬性(如甲基化和拓?fù)浣Y(jié)構(gòu))，并輕松對(duì)選定序列進(jìn)行比對(duì)和凝膠模擬。



**前的流線型圖譜、序列、特征和引物視圖

較新后的圖譜、序列、特征和引物視圖經(jīng)過(guò)重新構(gòu)建和簡(jiǎn)化，以**關(guān)鍵數(shù)據(jù)和功能，并在特征和引物表格中添加了靈活的篩選和排序功能。







參考DNA序列編輯比對(duì)

當(dāng)使用“參考DNA序列比對(duì)”功能時(shí)，您現(xiàn)在可以通過(guò)編輯桑格測(cè)序結(jié)果中的缺口位置和虛擬構(gòu)建體來(lái)驗(yàn)證您的序列。

文件和文件夾交互的增強(qiáng)功能

通過(guò)改進(jìn)文件夾面板中的文件選擇以及對(duì)未保存文件的新可視化和操作，數(shù)據(jù)管理得以簡(jiǎn)化。

較新細(xì)節(jié)

項(xiàng)目中的增強(qiáng)注釋和多文件轉(zhuǎn)換

? 在項(xiàng)目中導(dǎo)入特征或檢測(cè)多個(gè)DNA文件中的共同特征

? 從列表或SnapGene、VNTR或Clone Manager文件中導(dǎo)入引物到多個(gè)序列

? 環(huán)化、線性化或翻轉(zhuǎn)多個(gè)多核苷酸文件

? 更改多個(gè)序列的文件屬性，包括甲基化、拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)和鏈方向

? 為多個(gè)DNA文件選擇要顯示的酶

? 為多個(gè)序列編輯DNA或RNA末端

? 為多個(gè)序列生成DNA、RNA或蛋白質(zhì)

? 多文件中的修剪歷史

項(xiàng)目中增強(qiáng)的文件管理功能

? 增加了選擇文件夾的能力，并增加了部分文件夾選擇的指示

? 可以快速清除整個(gè)選擇或按類型取消選擇文件

? 通過(guò)在給定文件類型的文件計(jì)數(shù)右側(cè)點(diǎn)擊Opt/Alt鍵來(lái)取消選擇其他類型的文件

? 當(dāng)關(guān)閉項(xiàng)目窗口中的最后一個(gè)標(biāo)簽時(shí)，文件/文件夾選擇現(xiàn)在會(huì)被清除

? 添加了幫助鏈接

未保存更改的改進(jìn)可視化和操作

? 在文件夾面板和標(biāo)簽中，文件旁邊會(huì)顯示一個(gè)黃色圓點(diǎn)

? 在項(xiàng)目文件夾樹(shù)的**部會(huì)顯示一個(gè)警告

? 在項(xiàng)目中添加了保存所有、放棄所有或選擇未保存文件的選項(xiàng)

**前的圖譜和序列視圖

? 將標(biāo)簽移至**部，將選擇欄移至底部

? 將序列視圖的縮略圖移至視圖底部

? 將所選酶組指示器移至選擇欄

? 將底部左側(cè)的“縮放”按鈕(仍可通過(guò)視圖菜單訪問(wèn))替換為“查找”按鈕，以便在查看ssRNA或ssDNA結(jié)構(gòu)時(shí)切換搜索控制并添加搜索支持

? 將底部的“描述面板”復(fù)選框替換為**部的“信息”按鈕

? 將左上角的“語(yǔ)言”按鈕替換為“設(shè)置”按鈕

? 通過(guò)將不常用操作移至側(cè)邊菜單和/或一個(gè)新的“顯示”按鈕(位于右上角，無(wú)論視圖選項(xiàng)設(shè)置如何，現(xiàn)在都顯示一致的可預(yù)測(cè)圖標(biāo))來(lái)簡(jiǎn)化側(cè)邊工具欄

? 較新了歷史視圖右上角的控件外觀和特性，以及在沒(méi)有歷史記錄時(shí)顯示的消息

? 在右上角添加一個(gè)綠色復(fù)選標(biāo)記圖標(biāo)，以指示序列是否“經(jīng)實(shí)驗(yàn)確認(rèn)”

? 較新、添加和現(xiàn)代化了許多工具提示，這些提示現(xiàn)在無(wú)延遲顯示

? 現(xiàn)代化且現(xiàn)在可取消的警報(bào)已從**部移至右下角

? 對(duì)于無(wú)法顯示的內(nèi)容(如酶、特征或引物)的警報(bào)現(xiàn)在包括一個(gè)鏈接，指向綜合列表和有關(guān)用戶如何查看更多所需內(nèi)容的信息

現(xiàn)代化的特征和引物視圖

? **前的外觀和觀感

? 允許展開(kāi)和折疊單個(gè)特征和引物

? 將查找字段移至**部，現(xiàn)在可以對(duì)表格進(jìn)行篩選

? 現(xiàn)在在表格中高亮顯示匹配項(xiàng)

? 增加了對(duì)列進(jìn)行反向排序的功能

? 增加了使用顏色選擇器快速更改注釋顏色的功能

? 添加了復(fù)選框以指示和修改選擇

? 為替代起始密碼子添加了工具提示

增加了在查看與參考序列的比對(duì)時(shí)跨間隙移動(dòng)堿基的支持。通過(guò)使用箭頭鍵按住Alt或Opt鍵，可以逐個(gè)堿基或完全地跨間隙移動(dòng)堿基

較新了限制性內(nèi)切酶數(shù)據(jù)庫(kù)，包括：

? 從EURx添加了HpySP4III

? 從New England Biolabs添加了PsiI - v2、TaqI - v2、Alel - v2、BsrFI - v2和WarmStart? Nt.BstNBI

? 從NYZTech添加了Speedy酶

? 從TaKaRa添加了RspRII

? 從Vivantis添加了Fast Digest酶

? 從EURx和CHIMERx添加了CviJI

? 從Promega添加了EciHKI

?從Roche添加了Bmyl和Saul

? 從SibEnzyme添加了KroNI和SspMI

? 修正了Nb.Mva1269I的名稱

? 添加了Enzymatics、USBiological Life Sciences和Yeasen供應(yīng)商信息

? 新的緩沖液和較新的酶活性、推薦的緩沖液和緩沖液顏色

? 標(biāo)記已停產(chǎn)的酶

? 較新供應(yīng)商網(wǎng)站鏈接

改進(jìn)了酶數(shù)據(jù)庫(kù)對(duì)話框

? 改進(jìn)了默認(rèn)大小

? 已停用的酶現(xiàn)在以灰色斜體顯示

? 將增強(qiáng)型酶移至視圖**部

? 移除了供應(yīng)商視圖**部的酶列表

支持從選定的比對(duì)共識(shí)序列創(chuàng)建“新文件”

在Projects(項(xiàng)目)的kebab菜單中添加了“打開(kāi)較近項(xiàng)目”和“創(chuàng)建項(xiàng)目”操作

將熒光蛋白CDS mEos3.1添加到通用特征數(shù)據(jù)庫(kù)

通過(guò)移除引物標(biāo)簽、側(cè)邊工具欄中的引物按鈕和雜交選項(xiàng)鏈接，簡(jiǎn)化了設(shè)計(jì)合成構(gòu)建體對(duì)話框(在沒(méi)有引物時(shí))

簡(jiǎn)化了使用單個(gè)確認(rèn)對(duì)話框保存或丟棄未保存更改來(lái)關(guān)閉多個(gè)窗口或標(biāo)簽的操作

允許在HTML格式的窗口中選擇和復(fù)制文本，例如Tm計(jì)算方法或比對(duì)算法的摘要

將標(biāo)簽拖到較低的窗口上會(huì)在延遲后將其提升，以便可以將標(biāo)簽拖放到該窗口上

減少了序列視圖中的左邊距，并將翻譯方向指示器移近序列

簡(jiǎn)化了右鍵單擊比對(duì)序列內(nèi)容時(shí)提供的選項(xiàng)

簡(jiǎn)化了祖先序列中特征和引物的上下文菜單

在“開(kāi)始”面板中添加了“新功能”部分

Bug 修復(fù)

? 修復(fù)了在Windows上打開(kāi)或處理具有大量歷史記錄的文件時(shí)的穩(wěn)定性問(wèn)題

? 糾正了從GenBank和Geneious導(dǎo)入的環(huán)狀序列中某些反向鏈特征的特征片段順序

? 修復(fù)了在Windows上將100 kb以上的序列與參考序列比對(duì)時(shí)可能出現(xiàn)的崩潰問(wèn)題

? 修復(fù)了導(dǎo)出**過(guò)約25,400個(gè)堿基的共識(shí)序列時(shí)被截?cái)嗟穆┒?/p>

? 在導(dǎo)出無(wú)間隙的多序列比對(duì)的共識(shí)序列時(shí)，現(xiàn)在提供了導(dǎo)出文件格式選項(xiàng)

? 禁止使用SnapGene格式導(dǎo)出包含間隙的多序列比對(duì)的共識(shí)序列

? 修復(fù)了在某些比對(duì)中使用“從選擇中新建文件”時(shí)可能出現(xiàn)的卡頓問(wèn)題

? 提高了打開(kāi)大文件時(shí)的穩(wěn)定性

? 準(zhǔn)確報(bào)告Parasail版本

? 改進(jìn)了低分辨率顯示時(shí)的“新建文件”面板

? 改進(jìn)了調(diào)整分割視圖大小時(shí)鼠標(biāo)指針的較新

? 確保在視圖分割時(shí)顯示側(cè)邊工具欄中的“對(duì)齊到參考”按鈕

? 修復(fù)了在“編輯DNA末端”對(duì)話框中拖出選擇項(xiàng)時(shí)的漏洞

? 修復(fù)了通過(guò)點(diǎn)擊并拖放文件和文件夾面板中的單個(gè)文件來(lái)移動(dòng)文件夾時(shí)，其所包含的文件夾也會(huì)被移動(dòng)的問(wèn)題

? 修復(fù)了導(dǎo)出序列時(shí)，如果允許*文件擴(kuò)展名但該擴(kuò)展名不是文件格式的默認(rèn)擴(kuò)展名則無(wú)法保留的問(wèn)題

? 確保在合并所有窗口后項(xiàng)目窗口會(huì)置**

? 改進(jìn)了使用多屏幕時(shí)窗口和其他控件的放置方式

? 確保從窗口拖出的標(biāo)簽會(huì)放置在其被拖放的屏幕上

? 修復(fù)了在選中包含單個(gè)文件的文件夾時(shí)，該文件會(huì)在選項(xiàng)卡中打開(kāi)的問(wèn)題

? 修復(fù)了在項(xiàng)目搜索中使用未加引號(hào)的查詢（包含 's 和 '）時(shí)會(huì)出現(xiàn)的錯(cuò)誤

? 修復(fù)了在項(xiàng)目搜索中使用帶引號(hào)的查詢時(shí)，包含制表符和非常規(guī)空格字符的問(wèn)題

? 修復(fù)了在從開(kāi)放序列中復(fù)制和粘貼區(qū)域或特征時(shí)，“新建文件”窗格無(wú)法自動(dòng)填充上下文信息名稱的回歸問(wèn)題

? 確保在從開(kāi)放序列中復(fù)制和粘貼時(shí)，“新建文件”窗格中的“傳輸特征”復(fù)選框會(huì)自動(dòng)選中

? 修復(fù)了在點(diǎn)擊“顯示詳細(xì)信息”后取消全部保存時(shí)，**保存過(guò)的序列會(huì)顯示無(wú)意義文件名的問(wèn)題

? 在“關(guān)于”對(duì)話框中較新了指向Qntp的鏈接

? 修復(fù)了在導(dǎo)出到GenBank時(shí)LOCUS行上分子類型編碼的各種問(wèn)題

? 當(dāng)導(dǎo)出到GenBank時(shí)，如果序列名在LOCUS行上少于16個(gè)字符，則在序列名左側(cè)插入空格

? 修復(fù)了Windows上某些下拉菜單的渲染問(wèn)題

? 修復(fù)了在“更改甲基化”對(duì)話框中*的轉(zhuǎn)化菌株未在描述面板中反映的問(wèn)題

?修復(fù)了在“歷史視圖”中使用上下文菜單操作取消高亮顯示限制位點(diǎn)導(dǎo)致所有限制位點(diǎn)的高亮顯示都被移除的問(wèn)題

? 提高了制作/編輯蛋白質(zhì)比對(duì)特征時(shí)的穩(wěn)定性

? 移除了針對(duì)比對(duì)序列的“高亮顯示”和“清除高亮顯示”上下文菜單操作，因?yàn)檫@些命令不起作用，并且由于切割位點(diǎn)的位置與參考序列不同，對(duì)于比對(duì)序列沒(méi)有意義

? 修復(fù)了使用上下文菜單隱藏或移除比對(duì)序列中的酶時(shí)出現(xiàn)的各種問(wèn)題，這些操作不起作用，或者在參考序列中進(jìn)行這些操作不會(huì)導(dǎo)致比對(duì)序列較新，反之亦然

? 移除了用于復(fù)制比對(duì)序列特征翻譯的上下文菜單操作，因?yàn)檫@不起作用，并且這樣做會(huì)有問(wèn)題，因?yàn)檎麄€(gè)特征及其翻譯可能由于修剪而不可見(jiàn)

? 提高了單鏈序列環(huán)化時(shí)的穩(wěn)定性

? 當(dāng)水平空間受**，通過(guò)收起標(biāo)簽并顯示“更多”按鈕改進(jìn)了標(biāo)簽欄

? 改進(jìn)了選擇操作以提示“組裝重疊群”操作

? 修復(fù)了跨越特征邊界的密碼子有時(shí)在序列視圖中翻譯錯(cuò)誤或未顯示翻譯的各種問(wèn)題

? 修復(fù)了在macOS上按住Option鍵時(shí)顯示的備用菜單操作的各種問(wèn)題

? 修復(fù)了在文件和文件夾面板中選擇別名、符號(hào)鏈接或鏡像文件的問(wèn)題

? 修復(fù)了注銷時(shí)的誤導(dǎo)性消息

? 提高了從列表中導(dǎo)入引物時(shí)的穩(wěn)定性

? 提高了在處理器較少和內(nèi)存較小的較慢計(jì)算機(jī)上模擬金門(mén)克隆時(shí)的穩(wěn)定性

? 提高了在Windows上使用鍵盤(pán)調(diào)整下拉菜單時(shí)的穩(wěn)定性

? 修復(fù)了單鏈序列環(huán)化時(shí)的崩潰問(wèn)題

? 提高了從NCBI導(dǎo)入時(shí)的可靠性

? 提高了使用Flexera共享許可證時(shí)的可靠性

? 改進(jìn)了從GenBank解碼特征方向性的功能

?修正了導(dǎo)出到GenBank或FASTA格式時(shí)的序列跟蹤名稱

? 正確編碼導(dǎo)出到GenBank時(shí)LOCUS行上的RNA分子類型

其他

? 將固定寬度字體更改為L(zhǎng)iberation Mono

? 合并了SnapGene和SnapGene查看器應(yīng)用程序，以提供流暢的升級(jí)體驗(yàn)并簡(jiǎn)化應(yīng)用程序的安裝和管理

? 較新了各種第三方工具：

- io_lib較新至1.14.15

- Parasail較新至2.6.1

- Qt較新至6.2.12

北京天演融智軟件有限公司（科學(xué)軟件網(wǎng)）是SnapGene軟件在中國(guó)的授權(quán)經(jīng)銷商，為中國(guó)的軟件用戶提供優(yōu)質(zhì)的軟件銷售和培訓(xùn)服務(wù)。


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• 詞條

  詞條說(shuō)明

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• DirectRT 實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)軟件

  您是否有測(cè)量平均小于1000ms的RTs的任務(wù)？你是否有刺激開(kāi)始和呈現(xiàn)時(shí)間以毫秒而非秒為單位的任務(wù)？您對(duì)“試驗(yàn)塊”的概念滿意嗎？如果是的話，那么DirectRT可以較大地簡(jiǎn)化您的工作。功能強(qiáng)大，易于使用使用DirectRT，您可以快速輕松地創(chuàng)建需要精確計(jì)時(shí)的響應(yīng)時(shí)間任務(wù)。您將能夠輕松地從鍵盤(pán)、鼠標(biāo)、操縱桿、麥克風(fēng)和外部硬件獲得準(zhǔn)確的高速響應(yīng)輸入。精確地呈現(xiàn)聲音、視頻、圖像和文本。您會(huì)驚訝于Dire