【植物表型大數(shù)據(jù)】當(dāng)育種遇上人工智能，農(nóng)業(yè)將快速發(fā)展

時間：2022-11-11

隨著農(nóng)業(yè)育種技術(shù)的不斷精進(jìn)，我們吃的食物越來越多樣，并且與之前的食物外觀、味道有些不一樣。比如，小時候吃的白菜，葉子上總有許多被蟲吃的洞眼，而且白菜只有一兩個品種，如今白菜有近10個品種，葉子上沒有小洞。其實，自從作物被馴化以來，培育集抗性強(qiáng)、優(yōu)質(zhì)、高產(chǎn)等性狀為一體的作物品種一直是育種家的夢想。DNA分子結(jié)構(gòu)模型的發(fā)現(xiàn)推動了分子生物學(xué)的發(fā)展，讓育種家們能夠從基因和分子水平上解碼作物的生命秘密，通過調(diào)控基因獲得特定表型，以期培育出較想要的作物品種。

然而，如何調(diào)控作物基因才能培育優(yōu)良品種？育種，從某種意義上來說，是把來自不同種質(zhì)資源的優(yōu)良等位基因聚合起來。時至今日，作物育種經(jīng)歷了漫長的改良之路。傳統(tǒng)育種是耕作者對作物表型變異的肉眼觀察，通過主觀判斷選出高產(chǎn)優(yōu)質(zhì)抗性強(qiáng)的育種材料。后來，職業(yè)育種家出現(xiàn)，他們根據(jù)對作物遺傳規(guī)律的認(rèn)識，通過預(yù)先設(shè)計雜交育種試驗，再從后代中篩選出優(yōu)良栽培品種。這些方法曾為作物改良、有效解決糧食安全問題作出了巨大的貢獻(xiàn)。但在某種程度上，卻都是基于經(jīng)驗和觀察，完全根據(jù)表型對育種材料進(jìn)行選育的“經(jīng)驗育種”。科學(xué)家曾“無奈”而又形象地將其形容為“一把尺子一桿秤，用牙咬，用眼瞪”。

直到20世紀(jì)50年代，分子生物學(xué)與基因工程的誕生，打開了人類認(rèn)識生命本質(zhì)的大門。作物育種從經(jīng)驗育種時代進(jìn)入了分子定向育種時代。這個時期，育種家可在明確基因型的表型效應(yīng)的情況下，有的放矢地把符合預(yù)期要求的基因型進(jìn)行組合。

伴隨著高通量基因組測序技術(shù)的發(fā)展，越來越多的作物全基因組密碼被解開。在海量的基因組數(shù)據(jù)面前，控制優(yōu)良性狀的基因是哪些？怎樣的基因組合才能產(chǎn)出較優(yōu)的作物品種？

為了明確哪些分子標(biāo)記和哪些性狀相關(guān)聯(lián)，通過借助機(jī)器學(xué)習(xí)模型或深度學(xué)習(xí)模型幫助育種家根據(jù)基因型預(yù)測表型。人工智能技術(shù)突破了人的經(jīng)驗，使作物育種較加精準(zhǔn)而高效。

機(jī)器學(xué)習(xí)是借助計算機(jī)算法建立模型并解析數(shù)據(jù)，通過不斷學(xué)習(xí)數(shù)據(jù)的自身特征并訓(xùn)練模型，從而實現(xiàn)對目標(biāo)對象的判斷和預(yù)測。研究人員以基因家族代替單個基因為單位隨機(jī)分配訓(xùn)練集和測試集數(shù)據(jù)，以解決“進(jìn)化依賴”造成的模型“過擬合”問題。接著進(jìn)一步利用多種算法對模型進(jìn)行解析，獲得了調(diào)控基因表達(dá)的關(guān)鍵DNA基序。在此模型基礎(chǔ)上，研究人員利用進(jìn)化上親緣關(guān)系較近的兩個物種，成功預(yù)測了同源基因的相對表達(dá)量，并進(jìn)一步獲得了調(diào)控同源基因相對表達(dá)量的關(guān)鍵DNA基序。除此之外，訓(xùn)練深度學(xué)習(xí)模型需要大量的數(shù)據(jù)。然而在農(nóng)業(yè)領(lǐng)域，作物的基因型和表型數(shù)據(jù)量卻積累不足。

因此，有育種*建議研究人員在育種后，除了留下優(yōu)質(zhì)品種數(shù)據(jù)，也要保存非理想型品種的全套基因組和表型數(shù)據(jù)，以便數(shù)據(jù)建模時進(jìn)行優(yōu)劣比較，找出調(diào)控優(yōu)良表型性狀的基因。

大數(shù)據(jù)時代下智能化育種的前提是標(biāo)準(zhǔn)化大數(shù)據(jù)體系。而農(nóng)業(yè)數(shù)據(jù)采之不易且不統(tǒng)一，作物表型數(shù)據(jù)差異性較大，不同人采集的數(shù)據(jù)真實可靠性與準(zhǔn)確性也難以控制。除此之外，彼此數(shù)據(jù)不開放共享，使得研究中可比較的數(shù)據(jù)量少。

未來，要想育種得到較好發(fā)展，那么有表型大數(shù)據(jù)是第一步。對大數(shù)據(jù)進(jìn)行規(guī)范化采集處理、存儲與管理，并建立開放共享的數(shù)據(jù)庫反而較重要。目前應(yīng)某食用菌企業(yè)發(fā)展需求研發(fā)了食用菌表型大數(shù)據(jù)平臺系統(tǒng)，采用深度學(xué)習(xí)技術(shù)對食用菌種質(zhì)管理、育種栽培、生產(chǎn)包裝進(jìn)行一系列的系統(tǒng)研發(fā)，并聚合食用菌行業(yè)表型大數(shù)據(jù)，為企業(yè)種質(zhì)研發(fā)管理提供科研數(shù)據(jù)依據(jù)，并形成企業(yè)**競爭力。

詞條
詞條說明
【種圖家植物表型】基于無人機(jī)表型監(jiān)測出苗前施用除草劑對大豆植株的傷害
除草劑在農(nóng)業(yè)種植中除草的必要手段之一，隨著除草劑的使用在過去幾年中持續(xù)增加，為了解決除草劑對作物的損害問題。評估除草劑施用后對作物的損害，這對于確定潛在的產(chǎn)量損失和提出減輕其影響的解決辦法至關(guān)重要。但確定除草劑造成的危害往往需要專業(yè)人員進(jìn)行實地評估，這使得研究人員和農(nóng)民難以監(jiān)測除草劑對農(nóng)田造成的損害程度。目前有一種無人機(jī)進(jìn)行采集的圖像數(shù)據(jù)可以作為雜草管理科學(xué)技術(shù)研究的基準(zhǔn)，以補(bǔ)充從地面系統(tǒng)觀測的結(jié)
【食用菌表型】靈芝DUS測試指南數(shù)據(jù)分析案例
菌絲階段表型一、拮抗表型1.25℃±1℃避光培養(yǎng)2.當(dāng)申請品種和近似品種菌絲接觸3d后觀測拮抗現(xiàn)象3.分析內(nèi)容: 有無拮抗二、菌絲束粗細(xì)1.25℃±1℃ 避光培養(yǎng)2.培養(yǎng)7天后觀測菌絲束的粗細(xì)3.分析內(nèi)容:菌絲束的粗細(xì)程度三、菌絲密度1.25℃±1℃ 避光培養(yǎng)2.培養(yǎng)10天后觀測菌絲的密度3.分析內(nèi)容:菌絲的密度程度四、菌落形態(tài)1.25℃±1℃ 避光培養(yǎng)2.培養(yǎng)10天后觀測菌落的形態(tài)3.分析內(nèi)容:
【表型技術(shù)】從點云分析中提取二維和三維魚類形態(tài)表型的應(yīng)用
? ? ? ?魚類形態(tài)表型是人工育種、功能基因定位以及水產(chǎn)養(yǎng)殖和生態(tài)學(xué)中基于種群的研究的重要資源。為了避免傳統(tǒng)表型形態(tài)測量方法帶來的損傷魚體、依賴經(jīng)驗、主觀意識等，因此開發(fā)了一種、準(zhǔn)確且可定制的工具 —3DphenoFish軟件。在無損魚兒的狀態(tài)下進(jìn)行魚類表型數(shù)據(jù)采集，此軟件可用于魚類形態(tài)表型研究，包括功能基因定位、人工選擇和保護(hù)研究。材料和方法&nbs
菌絲和孢子有什么區(qū)別？
近年來我國食用菌大規(guī)模的生產(chǎn)已形成了穩(wěn)定的發(fā)展業(yè)態(tài)，吸引不少農(nóng)業(yè)育種科研者、食用菌吃貨們的青睞。當(dāng)然，“菌絲”“孢子”也成了熱詞，那么他們之間是什么關(guān)系，又有什么區(qū)別呢？先來了解一下這兩個熱詞的定義。“菌絲”單條管狀細(xì)絲，為大多數(shù)真菌的結(jié)構(gòu)單位，很多菌絲聚集在一起組成真菌的營養(yǎng)體，即菌絲體。菌絲一般分為兩類，有隔菌絲和無隔菌絲?！版咦印笔钦婢闹饕敝称鞴?。孢子在適宜條件下發(fā)芽，形成菌絲而進(jìn)行分裂