版本升級(jí) | DNASTAR Lasergene 18序列分析軟件

時(shí)間：2024-12-03作者：北京天演融智軟件有限公司瀏覽：37

DNAStar Lasergene 18已正式發(fā)布，該版本帶來了重要的新功能和功能改進(jìn)，包括對(duì)GenVision Pro的重大較新，GenVision Pro是我們用于跨多個(gè)樣本可視化和分析基因組數(shù)據(jù)的應(yīng)用程序。




Lasergene 18的新功能包括：

? 定相變異分析

? 樣本間的變體比較

? 基因集富集分析（GSEA）

? 自定義本地?cái)?shù)據(jù)庫中的搜索序列

? 金門克隆

? 用IQ樹構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹

 

定相變異分析

Lasergene Genomics現(xiàn)在包括一個(gè)二倍體相位算法，可以用于分析與完整的人類基因組一樣大的長(zhǎng)讀數(shù)據(jù)集。

? 只需選擇新的變異檢測(cè)選項(xiàng)即可開始SeqMan NGen中的分階段單倍型工作流程。

? 在GenVision Pro的新基因組視圖中查看整個(gè)基因組組裝后的定相/非定相區(qū)域。

? 使用GenVision Pro中的多個(gè)新軌道和選項(xiàng)，可視化和分析分相對(duì)齊讀取，分相塊，分相一致性和分相變體。

? 導(dǎo)出分相共識(shí)塊以獲得感興趣基因的母本和父本單倍體序列。



多個(gè)實(shí)驗(yàn)中的變體比較

GenVision Pro現(xiàn)在能夠全面比較多個(gè)實(shí)驗(yàn)的變體。

? 將SeqMan NGen程序集、BAM和/或VCF文件導(dǎo)入GenVision Pro。

? 基于維恩圖、單個(gè)或多個(gè)基線對(duì)照、配對(duì)樣本（例如，正常與**）、包含變體的樣本或配對(duì)的較小百分比以及許多其他選項(xiàng)過濾變體。保存過濾器或?qū)⑵湓O(shè)置為未來項(xiàng)目的默認(rèn)過濾器。

? 查看在SeqMan NGen中組裝的人類樣本的變體注釋數(shù)據(jù)庫信息。

? 創(chuàng)建變量集，并將其與維恩圖、并集、交集或包含每個(gè)變體的集合的較小百分比進(jìn)行比較。

? 將變體和變體集導(dǎo)出為CSV或以制表符分隔的文本文件。



基因集富集分析（GSEA）

GSEA是針對(duì)RNA-Seq差異表達(dá)工作流程的一個(gè)專門版本，重點(diǎn)關(guān)注具有某些共性（例如調(diào)控、染色體位置或生物功能）的基因組。

? 當(dāng)滿足DESEQ2或EdgeR分析的標(biāo)準(zhǔn)時(shí)，可在SeqMan NGen中訪問GSEA計(jì)算方法。

? 了解一組預(yù)定義的基因是否顯示兩種生物狀態(tài)（例如表型）之間存在統(tǒng)計(jì)顯著差異。

? 可選擇31種人類，19種小鼠，C. elegans和酵母分析選項(xiàng)中的任何一種。

? 查看專門氣泡圖中的輸出，其中列出了所選分析集中也存在差異表達(dá)的基因，以及顯示上調(diào)和下調(diào)基因集的聚類圖。

 

自定義本地?cái)?shù)據(jù)庫中的搜索序列

GenVision Pro、Protean 3D、SeqMan Ultra和MegAlign Pro現(xiàn)在都提供了為本地BLAST搜索創(chuàng)建安全的本地序列數(shù)據(jù)庫的能力。

? 上傳本地文件或從NCBI導(dǎo)入序列，有**過30個(gè)數(shù)據(jù)庫可供用戶選擇。

? 支持使用本地?cái)?shù)據(jù)庫管理器合并、展開、重命名和/或刪除本地?cái)?shù)據(jù)庫。

? 本地搜索比在線搜索快5-25倍。



 金門克隆

SeqBuilder Pro現(xiàn)在支持金門虛擬克隆，精確和無痕克隆。

? 使用一個(gè)簡(jiǎn)單的向?qū)гO(shè)置克隆，該向?qū)Э梢詸z測(cè)可能的故障并提供有用的反饋。

? 查看克隆的所有組件的特性。

? 輕松去除不需要的限制位點(diǎn)（domestication）。



用IQ樹構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹

MegAlign Pro現(xiàn)在包括IQ樹算法，用于構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹。這種廣泛使用的較大似然方法具有快速、準(zhǔn)確和支持自助法的特點(diǎn)。

? 從4種可用的系統(tǒng)發(fā)育計(jì)算方法中選擇IQ-Tree。

? 生成和比較由不同方法創(chuàng)建的多個(gè)樹。

? 自定義和導(dǎo)出您的系統(tǒng)發(fā)育樹以供發(fā)布或協(xié)作。

 

如果您的DANStar許可在有效期內(nèi)，即可較新到較新版本。如果想體驗(yàn)DNAStar較新版本的功能，歡迎聯(lián)系科學(xué)軟件網(wǎng)申請(qǐng)?jiān)囉谩?/p>
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