探索Sequencher軟件的Connections功能

時間：2023-08-29作者：北京環(huán)中睿馳科技有限公司瀏覽：34

Sequencher Connections代表了一種對序列或序列組執(zhí)行多重分析的新方法。Connections擴展了Sequencher的功能，允許您設(shè)置可以運行使用不同參數(shù)或數(shù)據(jù)庫的不同分析的“通道”。通過同時對不同通道上的多個序列或序列組運行分析，Sequencher Connections可以提高獲得結(jié)果的速度。




Sequencher Connections現(xiàn)在加靈活且可定制?，F(xiàn)有的Connections會話可以重新打開并添加新的序列。您的Connections會話可以重定名以反映您的項目。現(xiàn)在有多選項可用于將通道添加到Connections會話，并且還可以定名每個通道。




您可以在連接會話中對單個序列進行BLAST搜索?？梢栽O(shè)置通道以搜索具有不同參數(shù)的NCBI數(shù)據(jù)庫或每個通道使用的數(shù)據(jù)庫?？梢栽O(shè)置本地BLAST通道來搜索計算機上的數(shù)據(jù)庫。您還可以設(shè)置Primer-BLAST通道來設(shè)計感興趣區(qū)域的引物，并將這些引物序列發(fā)送到您的 Sequencher產(chǎn)品。引物序列將具有彩色堿基和應(yīng)用于它們的引物特征。該示意圖在單個窗口中顯示多個通道的結(jié)果，以便您比較不同運行的結(jié)果。










您的Connections會話會自動與您的項目一起保存。使用新的會話啟動器，可以輕松創(chuàng)建新會話、向現(xiàn)有會話添加多數(shù)據(jù)，或者簡單地查看并重新運行舊會話以查看是否有任意新的感興趣序列已添加到您之前查詢的數(shù)據(jù)庫中。使用示意圖同時提供BLAST、Local-BLAST和 Primer-BLAST分析的圖形概述。同時打開多個會話的能力意味著您可以輕松查看所有結(jié)果。當(dāng)NCBI網(wǎng)站上的結(jié)果過期時，您可以確信它們?nèi)匀话卜€(wěn)地存在于Connections中。










您可以在連接會話中為一組序列運行MUSCLE比對。結(jié)果可以視為比對序列或使用譜系圖可視化。不同的通道可以設(shè)置使用不同的參數(shù)。可以將序列添加到現(xiàn)有會話中，以便不同的行查看不同的序列組。然后可以比較不同通道和行上的運行。










BLAST和Local-BLAST

BLAST可能是您一直使用的工具，但有很多參數(shù)和選項，您可能不會記住每個參數(shù)和選項的影響。Sequencher Connections可幫助您在短的時間內(nèi)完成多工作并比較您的結(jié)果。




您想比較不同設(shè)置的結(jié)果嗎？您想將搜索分成針對不同數(shù)據(jù)庫的單獨查詢嗎？也許近來發(fā)布了某些內(nèi)容并且現(xiàn)在已在數(shù)據(jù)庫中，或者您可能對自己的數(shù)據(jù)了解了一些新內(nèi)容。Connections允許您同時運行許多不同的數(shù)據(jù)庫搜索，并在完成后盡快返回結(jié)果。然后您可以保留所有結(jié)果并可以使用原理圖對它們進行比較。示意圖是一個并行圖形顯示，以BLAST無法做到的方式顯示單個序列的所有分析結(jié)果。




如果您可以通過一個序列完成所有這些行為，那么請考慮一下在同一會話中可以使用多個序列做什么。




Primer-BLAST

使用Primer-BLAST分析序列并檢查特異性。




并行化您的分析 - 使用多組不同的設(shè)置并同時運行相同的序列甚至不同的序列，而*編寫腳本。




現(xiàn)在，一鍵將您的數(shù)據(jù)保存到您的項目中。




您的新引物會自動標(biāo)有GenBank風(fēng)格的功能鍵，使它們在比對中容易看到。引物按方向進行顏色編碼，以便您在使用時輕松識別，并且由于其定名約定，您永遠(yuǎn)不會混淆它們。










MUSCLE and Trees




當(dāng)您想要尋找DNA序列中的保守區(qū)域時，請尋找“MUSCLE”。與許多其他多序列對準(zhǔn)器相比，它速度快且精度高。它易于使用，通過 Sequencher Connections，您不僅可以看到對齊的區(qū)域，還可以以矩形或圓形樹格式查看結(jié)果。




您可以在同一組序列上設(shè)置多個MUSCLE運行，并將每個分析（或通道）設(shè)置為使用不同的參數(shù)。您是否想將不同的數(shù)據(jù)集保存在一起，但對它們運行相同的MUSCLE參數(shù)？將它們添加到同一個Connections會話中，因為會話中的每一行都可以包含不同的序列組。MUSCLE在不同的通道和行上運行，然后可以進行比較，為您提供對數(shù)據(jù)的*特視角。


北京環(huán)中睿馳科技有限公司專注于Prism數(shù)據(jù)分析軟件,SnapGene多少錢,EVS總代理,Mimics軟件價格,HYDRUS,GMS培訓(xùn),鉑金代理,軟件銷售,購買渠道等

• 詞條

  詞條說明

• 將流域盆地的徑流與WMS結(jié)合起來

  流域建模系統(tǒng)（WMS）包括使用理性方法，可以計算城市和農(nóng)村地區(qū)小流域的峰值流量。此功能可以結(jié)合多個流域的徑流來查找值。有理方法需要幾個特定組件來計算某個區(qū)域的徑流系數(shù)。所需的輸入是土壤數(shù)據(jù)，以及將土壤ID與徑流系數(shù)相關(guān)的表格或徑流系數(shù)覆蓋范圍。復(fù)合徑流系數(shù)使用覆蓋每個流域的所有徑流系數(shù)的面積加權(quán)平均值進行計算。選擇的輸入將取決于您選擇在“理性方法”模塊中計算徑流的方法。計算徑流的兩種主要方法是，首

• Ground Loop Design地源熱泵設(shè)計模塊

  Ground Loop Design（GLD）是一種地源熱泵系統(tǒng)設(shè)計工具，地源熱泵是一種便捷、環(huán)保的空氣調(diào)節(jié)系統(tǒng)，它通過利用地下穩(wěn)定溫度來提供暖氣和冷氣。其中，地源熱泵的地下回路是關(guān)鍵因素之一，直接影響到系統(tǒng)的效率和性能。為了提高地源熱泵系統(tǒng)的性能，需要進行合理的地下回路設(shè)計。GLD地源熱泵設(shè)計模塊提供了一種簡單易用的工具，幫助設(shè)計師和工程師快速地進行地下回路設(shè)計。地下回路是地源熱泵系統(tǒng)的關(guān)鍵組成

• 統(tǒng)計繪圖軟件SigmaPlot 15的新功能

  SigmaPlot版本15具有使您的工作輕松的新功能。新圖形類型（通過宏）聚類宏的描述聚類是分配給兩個分類變量級別的數(shù)值數(shù)據(jù)的可視化。這種類型的數(shù)據(jù)可以顯示在表格中，其中行表示一個變量的水平，列表示另一個變量的水平。數(shù)據(jù)表被輸入到SigmaPlot工作表中。此雙向數(shù)據(jù)的構(gòu)造為純色矩形陣列。陣列的尺寸及其各個顏色單元的位置與工作表中數(shù)據(jù)的排列相匹配。下面討論將顏色分配給數(shù)據(jù)值的方法。有助于可視化數(shù)

• GTAP11中的160個區(qū)域覆蓋范圍都有哪些？

  GTAP（**貿(mào)易分析項目）是一個由研究人員和政策制定者組成的**網(wǎng)絡(luò)，對**政策問題進行定量分析。GTAP的目標(biāo)是在整個經(jīng)濟框架內(nèi)提高**經(jīng)濟問題定量分析的質(zhì)量。*11版GTAP數(shù)據(jù)庫將區(qū)域覆蓋范圍擴大到 141 個Countries和 19 個地區(qū)，一共160個，都有哪些呢？一起來看看吧。