CrystalMaker 晶體和分子結(jié)構(gòu)可視化軟件

時間：2020-12-14

CrystalMaker是可視化晶體和分子結(jié)構(gòu)的較有效的方法。它的互動設(shè)計讓您不會一葉障目，并建立您自己對復雜材料的視覺理解。CrystalMaker追趕了傳統(tǒng)的晶體學軟件，允許您使用可旋轉(zhuǎn)的動畫創(chuàng)建動態(tài)可視化。能量建模工具可以讓您設(shè)計和放松新的結(jié)構(gòu)，預測它們的振動特性，并探索它們與其他材料的接口。

左上圖：多個晶格平面-這些對稱相關(guān)的平面是由程序自動生成的；右上圖：廣泛的新的紐帶風格，比如苯甲酸上的雙鍵和點鍵；左下圖：電子密度計算，如簡單立方晶體的輪廓圖;右下角：孔隙可視化，如銅的“填充空間”描繪。

CrystalMaker提供了一個高效的工作流程，將您的數(shù)據(jù)文件拖拽到程序中，以逼真的彩色照片即時顯示。使用鼠標實時操作結(jié)構(gòu)。多視圖“書簽”和撤銷功能鼓勵探索和發(fā)現(xiàn)——這是教學和研究的理想選擇。

集成結(jié)構(gòu)庫——可添加自定義結(jié)構(gòu)庫

CrystalMaker X包括一個含1200多個結(jié)構(gòu)的集成結(jié)構(gòu)庫：帶注釋、索引和預覽——隨時可以顯示。該庫包含400多種礦物（所有主要的造巖礦物以及更多的礦物），以及重要的無機和**晶體和分子，從布基球到沸石、從牙科陶瓷到高溫**導體。還包括一個水晶化學式結(jié)構(gòu)的教學庫，還有主題庫，涵蓋了化學戰(zhàn)、藥物化學、食品香料等。

您可以在Library Browser中按文件夾或平面視圖瀏覽結(jié)構(gòu)，也可以通過選擇縮略圖并使用注釋查看旋轉(zhuǎn)結(jié)構(gòu)來簡單瀏覽。這不僅僅是一個靜態(tài)的庫：您可以添加您自己的內(nèi)容，將結(jié)構(gòu)分組到文件夾中，并利用CrystalMaker強大的搜索功能：通過文件名、注釋或化學公式進行搜索。

數(shù)據(jù)輸入和輸出

雖然內(nèi)置的庫對教學很有幫助，但研究人員想要可視化他們自己的數(shù)據(jù)——CrystalMaker可以做到。CrystalMaker X允許您從40多種不同格式導入數(shù)據(jù)，具有即時顯示和強大的定制功能。CrystalMaker可以處理多結(jié)構(gòu)文件，如DL_POLY HISTORY——使用CrystalMaker的synchronization和animation功能來快速理解結(jié)構(gòu)行為、晶格動力學和可視化模擬軌跡。CrystalMaker也可以處理真正巨大的結(jié)構(gòu)。利用我們*特的“Depth Profiling”工具，快速掃描對大型結(jié)構(gòu)感興趣的區(qū)域——非常適合描述計算機模型的結(jié)果。

可導入的數(shù)據(jù)格式

快速創(chuàng)建新的晶體和分子

使用CrystalMaker，您就可以創(chuàng)建任何一種晶體或分子結(jié)構(gòu)——快速而簡單。內(nèi)置的對稱處理和優(yōu)雅的空間組瀏覽器將使結(jié)晶學擺脫困境，程序?qū)⒆詣由伤械逆I和多面體。分子構(gòu)建較簡單：點擊添加原子和鍵。使用新的Relax命令來較小化能量和優(yōu)化您的結(jié)構(gòu)。

CrystalMaker提供了廣泛的模型類型，包括傳統(tǒng)的“球和棒”、空間填充、多面體、線框和熱橢圓。每個模型類型都可以進行廣泛的定制，可以選擇照片逼真的圖形或較簡單的線條藝術(shù)顯示。CrystalMaker為數(shù)百萬個原子、鍵和多面體提供連續(xù)的繪圖范圍設(shè)置。

出色的3 D圖形

CrystalMaker X采用業(yè)界良好的3D圖形，以驚人的、快速的像素實現(xiàn)**的視覺效果，并具有**的重疊校正和半透明性。在較新的Macs或Surface Pro設(shè)備上享受高分辨率的“Retina”圖形。保存出版物質(zhì)量的圖形——具有透明度——或者生成旋轉(zhuǎn)結(jié)構(gòu)或動畫的迷人視頻。

實時操作

用鼠標單擊并拖動，使用鍵盤或工具欄。查看平行于一個向量或平面正態(tài)。利用觸控板的多點觸控旋轉(zhuǎn)和縮放功能，或者在空間中使用簡單的手勢，使用一個跳躍動作控制器。CrystalMaker for Mac——作為一個適合本地Mac應(yīng)用程序——為新MacBook Pro提供**的觸控桿界面，使用**的觸摸表盤、方向預設(shè)、滑塊旋轉(zhuǎn)和縮放。

多結(jié)構(gòu)動畫

CrystalMaker是**個追趕靜態(tài)結(jié)構(gòu)的程序，讓您快速而輕松地探索結(jié)構(gòu)行為。只需將文件拖放到同一個窗口中，然后重新排列它們的縮略圖來構(gòu)建您的電影時間軸。操作和同步視圖，拖放縮略圖來重新排列它們，然后點擊播放按鈕并可視化動畫。它并不止于此：CrystalMaker X允許您旋轉(zhuǎn)和縮放動畫，改變它們的模型類型，查看方向和模型設(shè)置。最后，您可以將您的動畫導出為電影——用于web或演示。

創(chuàng)建引人入勝的教學內(nèi)容

CrystalMaker文檔可以保存多個結(jié)構(gòu)，每個結(jié)構(gòu)都有自己的圖形縮略圖。雖然一個明顯的應(yīng)用程序是用于結(jié)構(gòu)行為和動畫，但您也可以保存相同結(jié)構(gòu)、不同模型類型、原子范圍或相關(guān)結(jié)構(gòu)的不同視圖。由于每個結(jié)構(gòu)都可以有自己的注釋，因此這是一個理想的教學工具——一個完整的交互式幻燈片，帶有可旋轉(zhuǎn)的3D模型，在上下文中呈現(xiàn)。課程中包含了如何構(gòu)建有吸引力的教育內(nèi)容的示例（例如，“構(gòu)建Quartz”、“構(gòu)建Spinel”）。

體積數(shù)據(jù)可視化

CrystalMaker X允許您將任意數(shù)量的3D數(shù)據(jù)集與當前的結(jié)構(gòu)結(jié)合起來，每一個都有自己的視覺設(shè)置。您可以將從文本文件中導入的數(shù)據(jù)可視化，或者在程序中生成電子密度或孔隙度計算。

強大的測量功能

CrystalMaker提供易于使用的屏幕工具，用于測量協(xié)調(diào)環(huán)境——鍵距、角度、扭轉(zhuǎn)角度——只需點擊鼠標，或滾動不同的原子和鍵即可實現(xiàn)實時輸出。您還可以通過實時的半徑調(diào)整來可視化協(xié)調(diào)簇和殼，例如，用一只鼠標構(gòu)建一個球形納米顆粒。詳細的鍵距和角度信息可以在屏幕上顯示，也可以導出到文本文件中。強大的距離資源管理器允許您以圖形方式可視化協(xié)調(diào)環(huán)境，圍繞任何元素或站點的組合。

分子模型和振動模式

CrystalMaker X提供了一個強大的、*特的能量模型引擎，它可以讓您把粗糙的、手繪的分子結(jié)構(gòu)轉(zhuǎn)化為低能量的三維結(jié)構(gòu)。實時可視化放松——您甚至可以在它放松的時候旋轉(zhuǎn)您的模型。這項工作是與世界良好的英國科學家合作的一個為期三年的研究項目的成果。我們相信它能為您提供分子建模的較佳實用解決方案——只占競爭對手產(chǎn)品成本的一小部分。

分子晶體工具

我們的口號是讓您“看得到樹上的木頭”，尤其是在處理復雜的分子晶體時。通常不僅僅是不對稱的單元——開始的包裝——而其他程序則在單位細胞邊緣與碎片分子作斗爭。

CrystalMaker X的**工具可以讓您顯示一個單元格的完整內(nèi)容，分離單個分子或顯示不對稱單元。您可以修復“碎片化”的分子，沿原子較近的鄰居“增長”繪圖范圍，并從復雜性上講得通。

轉(zhuǎn)換和晶體工程

CrystalMaker可以讓您轉(zhuǎn)換單元格，改變晶格類型，建立一個supercell，移動原點，或者應(yīng)用一個任意的矩陣變換。您還可以將單元投射到選定的晶格平面上，以創(chuàng)建一個“表面單元”。與傳統(tǒng)軟件不同的是，CrystalMaker有一個優(yōu)雅、易用的界面，有一些常見的選擇作為預設(shè)。

CrystalMaker的選擇工具可以讓您移動、分離、復制、隱藏、刪除原子組。隱藏或修復分子碎片-隔離單個分子。在任何方向上顯示晶格層，將晶體切片，以調(diào)查表面或內(nèi)部的平面，并將一個結(jié)構(gòu)或分子放置在另一個結(jié)構(gòu)中。CrystalMaker的實時晶體工程工具讓您在您的水晶晶格中插入空間，在晶體中放置新的原子或整個分子，并設(shè)計新的水晶晶格。

3D打印和模型輸出

CrystalMaker允許您通過STL 3D文件導出選項（大多數(shù)3D打印機廣泛支持）打印您的3D模型。您還可以將任何結(jié)構(gòu)導出為自包含的COLLADA 3D文件，理想地與3D圖形軟件交換。較妙的是，您可以在iPad上查看您的CrystalMaker COLLADA文件！把您的文件放進iBooks Author（從Mac app store免費下載），然后發(fā)布到您的iPad上。

支持衍射

衍射條紋可以模擬任何顯示的晶體結(jié)構(gòu)，只要一個菜單命令——CrystalDiffract（粉末衍射）和SingleCrystal

（x射線、中子和TEM單晶衍射）程序。SingleCrystal可以與CrystalMaker相連，所以當您旋轉(zhuǎn)您的結(jié)構(gòu)時，

它的衍射模式也會旋轉(zhuǎn)，反之亦然。

跨平臺

CrystalMaker有兩個不同的版本，分別是Windows（Windows 7-10），或者macOS（“Yosemite”到“High Sierra”）。Mac和Windows版本共享相同的二進制文件格式和類似的特性集，使得跨平臺工作和協(xié)作變得容易。每個版本都是為各自的操作系統(tǒng)設(shè)計的，提供了真正的操作系統(tǒng)支持和較大性能。

*的支持

使用CrystalMaker很容易——但是為了盡可能快地獲得較新的速度，我們還提供了一個方便的教程，旨在讓您熟悉基本的程序特性。在線幫助提供了對接口和功能的快速引用——并且對于較終的引用，我們包含了一個非常詳細的、有插圖的160頁用戶指南。這是用Adobe PDF格式提供的，便于搜索——并包含快速瀏覽的頁面縮略圖。

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