AlleleID 物種識(shí)別和分類鑒別的綜合軟件介紹

時(shí)間：2020-12-04作者：北京天演融智軟件有限公司瀏覽：115

細(xì)菌鑒定的實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)

AlleleID是一款旨在解決細(xì)菌鑒定、病原體檢測(cè)或物種鑒定的綜合性桌面工具。以CulsSTW多序列比對(duì)為**，AlleleID可以設(shè)計(jì)用于物種識(shí)別/交叉物種鑒定的基因芯片探針以及用于實(shí)時(shí)PCR的SYBR Green, TaqMan MGB, TaqMan探針, Molecular Beacons以及實(shí)時(shí)PCR引物。AlleleID還提供了支持可變剪切片段檢測(cè)的微陣列實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)。

物種鑒定分析/跨物種實(shí)驗(yàn)/等位基因鑒定分析

AlleleID使用ClustalW對(duì)序列進(jìn)行排列，并分析保存和物種特定區(qū)域。您可以使用程序進(jìn)行實(shí)時(shí)PCR引物設(shè)計(jì)（包含SYBR Green引物設(shè)計(jì)）和雙標(biāo)簽探針設(shè)計(jì)（TaqManprobes,

TaqMan MGB and molecular beacons）。這些檢測(cè)方法只用于進(jìn)行菌株檢測(cè)或從混合菌株中找到感興趣的物種。為了進(jìn)行交叉物種試驗(yàn)，AlleleID通過(guò)識(shí)別保守區(qū)域來(lái)設(shè)計(jì)通用探針。對(duì)于相關(guān)的生物體，當(dāng)研究物種的基因組草圖不可用時(shí)，可以使用AlleleID來(lái)研究其基因表達(dá)。這些強(qiáng)大的功能可以幫助解決了很多具有挑戰(zhàn)性的難題，例如的檢測(cè)、鑒定、定量以及污染物、環(huán)境等的監(jiān)測(cè)。

檢測(cè)成功的復(fù)雜算法

高度特異性寡核苷酸通過(guò)回避自動(dòng)注釋BLAST搜索結(jié)果找到的顯著同源性區(qū)域而設(shè)計(jì)。實(shí)時(shí)定量PCR引物和探針阻止模板形成二級(jí)結(jié)構(gòu)提升效率。"Minimal

Set"，該程序較具創(chuàng)新性的特點(diǎn)之一，有助于設(shè)計(jì)較少數(shù)量的等位基因特異性寡核苷酸引物和雙標(biāo)記探針，其*特地識(shí)別來(lái)自混合物的所需物種/菌株/類群中的每一個(gè)，降低化驗(yàn)成本。對(duì)于類群或跨種分析，當(dāng)類群或類群高度不同時(shí)，該特征尤其有用。對(duì)于一組預(yù)先設(shè)計(jì)的、經(jīng)過(guò)驗(yàn)證的引物集合，AlleleID可以設(shè)計(jì)兼容的引物和探針的其余序列的物種鑒定或類群特異性檢測(cè)。

廣泛支持實(shí)時(shí)或定量PCR檢測(cè)和SNP/表達(dá)微陣列AlleleID可以設(shè)計(jì)較優(yōu)的SYBR

Green引物、TaqMan探針、TaqMan Minor Groove Bingding

(MGB)探針、FRET探針或者分子信標(biāo)，用于實(shí)時(shí)定量PCR差異基因表達(dá)SNP基因型分類試驗(yàn)。您也可以設(shè)計(jì)實(shí)時(shí)PCR引物和雙標(biāo)記探針多達(dá)一萬(wàn)個(gè)序列在一個(gè)單一的運(yùn)行SNP檢測(cè)或表達(dá)微陣列。

設(shè)計(jì)Luminex xMAP試驗(yàn)基于Luminex’s

xMAP技術(shù)，AlleleID可以設(shè)計(jì)應(yīng)用于懸浮陣列系統(tǒng)的應(yīng)變-微分多重分析設(shè)計(jì)。如果您研究的是密切相關(guān)的生物體，這個(gè)功能可以幫助您在一個(gè)反應(yīng)體系中進(jìn)行等位基因特異性引物延伸（ASPE）和DHA檢測(cè)。

多路連接依賴探針擴(kuò)增（MLPA）檢測(cè)拷貝數(shù)和突變檢測(cè)

AlleleID是一設(shè)計(jì)MLPA合成探針或者由MRC Holland引入的多重連接依賴探針擴(kuò)增技術(shù)的程序，當(dāng)合適的工具包不可用時(shí)，研究人員能夠擴(kuò)展這項(xiàng)技術(shù)。這是一種快速增長(zhǎng)的高通量基因圖譜分析方法?？梢詸z測(cè)外顯子缺失、拷貝數(shù)變化和CpG甲基化模式。具有成本效益合適、敏感性高、特異性好和可再生性好等特點(diǎn)。

AlleleID為PamGene檢測(cè)設(shè)計(jì)了mRNA特異性,DNA特異性和突變特異性MLPA探針。這將使PamChip用戶在使用PamGene高精度檢測(cè)平臺(tái)時(shí)設(shè)計(jì)自己感興趣的基因探針檢測(cè)。結(jié)合這兩種技術(shù)，拷貝數(shù)的變化和突變可以很容易地在6小時(shí)內(nèi)檢測(cè)到。

功能特征

物種鑒定試驗(yàn)

基因芯片的基因拼接/選擇性剪接

外顯子連接引物設(shè)計(jì)

實(shí)時(shí)PCR引物設(shè)計(jì)

TaqMan探針設(shè)計(jì)

SyBR綠色底漆設(shè)計(jì)

分子信標(biāo)設(shè)計(jì)

FRET探針設(shè)計(jì)

微陣列探針設(shè)計(jì)

精密化驗(yàn)設(shè)計(jì)

數(shù)據(jù)庫(kù)支持

輸入輸出格式




系統(tǒng)需求

更多詳情請(qǐng)登陸 科學(xué)軟件網(wǎng) 。


北京天演融智軟件有限公司專注于matlab,stata,spsspro,pscad,gams,nvivo,cyme,gms,mathematica等

• 詞條

  詞條說(shuō)明

• ALOGIT 統(tǒng)計(jì)建模軟件介紹

  30多年來(lái)，ALOGIT一直在**的建模者中被頻繁使用，在此期間不斷發(fā)展，以滿足**建模的需要。因此，ALOGIT具有很高的可靠性和眾多的功能和設(shè)施，這些對(duì)專業(yè)建模很有幫助。幫助文件概述了各種可能性(下載幫助文件壓縮包，但是需要注意的是這與較新版本的Windows不兼容)。ALOGIT估算了通用logit模型的參數(shù)。主要的功能有：樹(shù)型模型（ 嵌套、分層的）與簡(jiǎn)單的logit模型相比，它支持模型中的

• GS+ 環(huán)境科學(xué)地質(zhì)統(tǒng)計(jì)學(xué)軟件

  概述GS+軟件于1988年作為**個(gè)針對(duì)個(gè)人電腦和工作站的綜合地理統(tǒng)計(jì)程序被引入。它很快成為**用戶使用的地理統(tǒng)計(jì)程序。廣受**的是，GS+是**個(gè)通過(guò)集成包提供半方差分析的地理統(tǒng)計(jì)軟件，它提供了*所要求的靈活性和新手所欣賞的簡(jiǎn)單性。GS+支持從Windows 7到10的操作系統(tǒng)。今天GS+仍然是地球和環(huán)境科學(xué)的良好的2D地理統(tǒng)計(jì)軟件。它在世界范圍內(nèi)被工業(yè)、**機(jī)構(gòu)和學(xué)術(shù)研究人員使用。GS+已被

• 免費(fèi)資源|MAXQDA軟件視頻課程及直播培訓(xùn)

  MAXQDA是一個(gè)用于質(zhì)性、量化和混合方法數(shù)據(jù)分析的專業(yè)軟件，適用于Windows和Mac兩種操作平臺(tái)，深受**成千上萬(wàn)用戶的喜愛(ài)。始創(chuàng)于1989年，具有多年為研究者們提供強(qiáng)大、創(chuàng)新和便捷的數(shù)據(jù)分析工具的經(jīng)驗(yàn)，助力研究項(xiàng)目的順利開(kāi)展。MAXQDA可以分析的數(shù)據(jù)類型包括訪談?dòng)涗?、?bào)告、表格、在線調(diào)查、焦點(diǎn)小組、視頻、音頻、文獻(xiàn)、圖片等等。為了大家能夠較好的學(xué)習(xí)和應(yīng)用軟件，北京天演融智軟件有限公司（科

• MAXQDA軟件系列講座|*三講用MAXQDA寫論文

  2020年10月30日下午4點(diǎn)，MAXQDA軟件系列講座迎來(lái)*三講。本次講座的主講老師是MAXQDA軟件專業(yè)培訓(xùn)師寧海芹老師。寧老師從2015年起開(kāi)始使用MAXQDA，將MAXQDA應(yīng)用于研究項(xiàng)目和學(xué)位論文的數(shù)據(jù)分析和撰寫，并多次擔(dān)任MAXQDA在線研討會(huì)的講師，在MAXQDA的教學(xué)和使用方面積累了豐富的經(jīng)驗(yàn)。講座開(kāi)始老師先簡(jiǎn)要的回顧了上次課程的內(nèi)容，然后開(kāi)始進(jìn)入今天的正題。首先老師介紹了MAXQ