AlleleID 物種識(shí)別和分類鑒別的綜合軟件

時(shí)間：2022-09-21作者：北京天演融智軟件有限公司瀏覽：456

細(xì)菌鑒定的實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)

AlleleID是一款旨在解決細(xì)菌鑒定、病原體檢測(cè)或物種鑒定的綜合性桌面工具。以CulsSTW多序列比對(duì)為**，AlleleID可以設(shè)計(jì)用于物種識(shí)別/交叉物種鑒定的基因芯片探針以及用于實(shí)時(shí)PCR的SYBR Green, TaqMan MGB, TaqMan探針, Molecular Beacons以及實(shí)時(shí)PCR引物。AlleleID還提供了支持可變剪切片段檢測(cè)的微陣列實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)。







物種鑒定分析/跨物種實(shí)驗(yàn)/等位基因鑒定分析

AlleleID使用ClustalW對(duì)序列進(jìn)行排列，并分析保存和物種特定區(qū)域。您可以使用程序進(jìn)行實(shí)時(shí)PCR引物設(shè)計(jì)（包含SYBR Green引物設(shè)計(jì)）和雙標(biāo)簽探針設(shè)計(jì)（TaqMan probes,

TaqMan MGB and molecular beacons）。這些檢測(cè)方法只用于進(jìn)行菌株檢測(cè)或從混合菌株中找到感興趣的物種。為了進(jìn)行交叉物種試驗(yàn)，AlleleID通過(guò)識(shí)別保守區(qū)域來(lái)設(shè)計(jì)通用探針。對(duì)于相關(guān)的生物體，當(dāng)研究物種的基因組草圖不可用時(shí)，可以使用AlleleID來(lái)研究其基因表達(dá)。這些強(qiáng)大的功能可以幫助解決了很多具有挑戰(zhàn)性的難題，例如的檢測(cè)、鑒定、定量以及污染物、環(huán)境等的監(jiān)測(cè)。







檢測(cè)成功的復(fù)雜算法

高度特異性寡核苷酸通過(guò)回避自動(dòng)注釋BLAST搜索結(jié)果找到的顯著同源性區(qū)域而設(shè)計(jì)。實(shí)時(shí)定量PCR引物和探針阻止模板形成二級(jí)結(jié)構(gòu)提升效率。"Minimal Set"，該程序較具創(chuàng)新性的特點(diǎn)之一，有助于設(shè)計(jì)較少數(shù)量的等位基因特異性寡核苷酸引物和雙標(biāo)記探針，其*特地識(shí)別來(lái)自混合物的所需物種/菌株/類群中的每一個(gè)，降低化驗(yàn)成本。對(duì)于類群或跨種分析，當(dāng)類群或類群高度不同時(shí)，該特征尤其有用。對(duì)于一組預(yù)先設(shè)計(jì)的、經(jīng)過(guò)驗(yàn)證的引物集合，AlleleID可以設(shè)計(jì)兼容的引物和探針的其余序列的物種鑒定或類群特異性檢測(cè)。







廣泛支持實(shí)時(shí)或定量PCR檢測(cè)和SNP/表達(dá)微陣列
AlleleID可以設(shè)計(jì)較優(yōu)的SYBR Green引物、TaqMan探針、TaqMan Minor Groove Bingding

(MGB)探針、FRET探針或者分子信標(biāo)，用于實(shí)時(shí)定量PCR差異基因表達(dá)SNP基因型分類試驗(yàn)。您也可以設(shè)計(jì)實(shí)時(shí)PCR引物和雙標(biāo)記探針多達(dá)一萬(wàn)個(gè)序列在一個(gè)單一的運(yùn)行SNP檢測(cè)或表達(dá)微陣列。







設(shè)計(jì)Luminex xMAP試驗(yàn)
基于Luminex’s xMAP技術(shù)，AlleleID可以設(shè)計(jì)應(yīng)用于懸浮陣列系統(tǒng)的應(yīng)變-微分多重分析設(shè)計(jì)。如果您研究的是密切相關(guān)的生物體，這個(gè)功能可以幫助您在一個(gè)反應(yīng)體系中進(jìn)行等位基因特異性引物延伸（ASPE）和DHA檢測(cè)。







多路連接依賴探針擴(kuò)增（MLPA）檢測(cè)拷貝數(shù)和突變檢測(cè)

AlleleID是一設(shè)計(jì)MLPA合成探針或者由MRC Holland引入的多重連接依賴探針擴(kuò)增技術(shù)的程序，當(dāng)合適的工具包不可用時(shí)，研究人員能夠擴(kuò)展這項(xiàng)技術(shù)。這是一種快速增長(zhǎng)的高通量基因圖譜分析方法。可以檢測(cè)外顯子缺失、拷貝數(shù)變化和CpG甲基化模式。具有成本效益合適、敏感性高、特異性好和可再生性好等特點(diǎn)。

AlleleID為PamGene檢測(cè)設(shè)計(jì)了mRNA特異性,DNA特異性和突變特異性MLPA探針。這將使PamChip用戶在使用PamGene高精度檢測(cè)平臺(tái)時(shí)設(shè)計(jì)自己感興趣的基因探針檢測(cè)。結(jié)合這兩種技術(shù)，拷貝數(shù)的變化和突變可以很*地在6小時(shí)內(nèi)檢測(cè)到。







功能特征

? 物種鑒定試驗(yàn)

? 基因芯片的基因拼接/選擇性剪接

? 外顯子連接引物設(shè)計(jì)

? 實(shí)時(shí)PCR引物設(shè)計(jì)

? TaqMan探針設(shè)計(jì)

? SyBR綠色底漆設(shè)計(jì)

? 分子信標(biāo)設(shè)計(jì)

? FRET探針設(shè)計(jì)

? 微陣列探針設(shè)計(jì)

? 精密化驗(yàn)設(shè)計(jì)

? 數(shù)據(jù)庫(kù)支持

? 輸入輸出格式







北京天演融智軟件有限公司（科學(xué)軟件網(wǎng)）是 AlleleID 軟件在中國(guó)的授權(quán)經(jīng)銷商，為中國(guó)的用戶提供優(yōu)質(zhì)的軟件銷售和培訓(xùn)服務(wù)。


北京天演融智軟件有限公司專注于pscad,gams,spsspro,stata,matlab,mathematica,nvivo等, 歡迎致電 18510103847

• 詞條

  詞條說(shuō)明

• IBM SPSS Statistics 30.0.0數(shù)據(jù)分析軟件版本較新

  IBM SPSS Statistics較新版v30.0.0提供了新的分析過(guò)程、功能擴(kuò)展、功能增強(qiáng)、性能改進(jìn)、錯(cuò)誤修復(fù)、棄用通知和安全較新。Bland Altman分析Bland Altman分析是一種非參數(shù)方法，用于評(píng)估兩次測(cè)量之間的一致性。這種分析常用于對(duì)一種新的測(cè)量方法與另一種測(cè)量方法或參考標(biāo)準(zhǔn)進(jìn)行比較。該方法是將縱坐標(biāo)（Y）軸上兩次測(cè)量值與橫坐標(biāo)（X）軸上相應(yīng)值之間的差異作圖。由此得到的圖稱

• 如何使用NVivo軟件

  方法難以標(biāo)準(zhǔn)化、人員協(xié)作困難等痛點(diǎn)，本工具提供了一些對(duì)應(yīng)的解決方案，例如定義編碼、定義案例、可視化分析、數(shù)據(jù)模板導(dǎo)出等功能，力求將過(guò)去繁瑣的資料管理和數(shù)據(jù)分析工作整合在一個(gè)軟件中完成。?為了幫助NVivo用戶較好的應(yīng)用軟件，北京天演融智軟件有限公司（科學(xué)軟件網(wǎng)）將于2021年4月21日起每周三19:00為大家奉上NVivo軟件操作應(yīng)用培訓(xùn)。本培訓(xùn)完全免費(fèi)，歡迎報(bào)名參加！?主講老

• 密云mathematica標(biāo)準(zhǔn)

  密云Mathematica標(biāo)準(zhǔn)隨著科學(xué)技術(shù)的快速發(fā)展，科學(xué)計(jì)算軟件在科研、工程、等領(lǐng)域中扮演著越來(lái)越重要的角色。作為功能強(qiáng)大的科學(xué)計(jì)算軟件之一，Mathematica在范圍內(nèi)備受認(rèn)可和使用。針對(duì)Mathematica在市場(chǎng)的需求，北京天演融智軟件有限公司引進(jìn)并代理Mathematica，為國(guó)內(nèi)高校、科研院所、企業(yè)事業(yè)單位等提供該軟件的授權(quán)銷售和相關(guān)服務(wù)。一、Mathematica主要功能與特點(diǎn)Ma

• Stata 18新功能介紹完整版視頻教程

  Stata 18較近剛剛發(fā)布，大家對(duì)新功能可能不是特別熟悉，為此StataCorp LLC特地錄制了22個(gè)教學(xué)視頻，科學(xué)軟件網(wǎng)為大家添加了字幕，助力大家較好的使用Stata 軟件。本教程?完全免費(fèi)，歡迎大家申請(qǐng)觀看。詳情登陸：科學(xué)軟件網(wǎng)—課程—視頻課程內(nèi)容及介紹如下：1、Alias variables across frames介紹Stata 18的新命令fralias，用于從鏈接的幀中