CrystalMaker 晶體和分子結(jié)構(gòu)可視化軟件介紹

時(shí)間：2022-08-30作者：北京天演融智軟件有限公司瀏覽：367

CrystalMaker是可視化晶體和分子結(jié)構(gòu)的較有效的方法。它的互動(dòng)設(shè)計(jì)讓您不會(huì)一葉障目，并建立您自己對(duì)復(fù)雜材料的視覺(jué)理解。CrystalMaker追趕了傳統(tǒng)的晶體學(xué)軟件，允許您使用可旋轉(zhuǎn)的動(dòng)畫(huà)創(chuàng)建動(dòng)態(tài)可視化。能量建模工具可以讓您設(shè)計(jì)和放松新的結(jié)構(gòu)，預(yù)測(cè)它們的振動(dòng)特性，并探索它們與其他材料的接口。














左上圖：多個(gè)晶格平面-這些對(duì)稱(chēng)相關(guān)的平面是由程序自動(dòng)生成的；右上圖：廣泛的新的紐帶風(fēng)格，比如苯甲酸上的雙鍵和點(diǎn)鍵；左下圖：電子密度計(jì)算，如簡(jiǎn)單立方晶體的輪廓圖;右下角：孔隙可視化，如銅的“填充空間”描繪。

CrystalMaker提供了一個(gè)高效的工作流程，將您的數(shù)據(jù)文件拖拽到程序中，以逼真的彩色照片即時(shí)顯示。使用鼠標(biāo)實(shí)時(shí)操作結(jié)構(gòu)。多視圖“書(shū)簽”和撤銷(xiāo)功能鼓勵(lì)探索和發(fā)現(xiàn)——這是教學(xué)和研究的理想選擇。




集成結(jié)構(gòu)庫(kù)——可添加自定義結(jié)構(gòu)庫(kù)

CrystalMaker X包括一個(gè)含1200多個(gè)結(jié)構(gòu)的集成結(jié)構(gòu)庫(kù)：帶注釋、索引和預(yù)覽——隨時(shí)可以顯示。該庫(kù)包含400多種礦物（所有主要的造巖礦物以及更多的礦物），以及重要的無(wú)機(jī)和**晶體和分子，從布基球到沸石、從牙科陶瓷到高溫**導(dǎo)體。還包括一個(gè)水晶化學(xué)式結(jié)構(gòu)的教學(xué)庫(kù)，還有主題庫(kù)，涵蓋了化學(xué)戰(zhàn)、藥物化學(xué)、食品香料等。

您可以在Library Browser中按文件夾或平面視圖瀏覽結(jié)構(gòu)，也可以通過(guò)選擇縮略圖并使用注釋查看旋轉(zhuǎn)結(jié)構(gòu)來(lái)簡(jiǎn)單瀏覽。這不僅僅是一個(gè)靜態(tài)的庫(kù)：您可以添加您自己的內(nèi)容，將結(jié)構(gòu)分組到文件夾中，并利用CrystalMaker強(qiáng)大的搜索功能：通過(guò)文件名、注釋或化學(xué)公式進(jìn)行搜索。




數(shù)據(jù)輸入和輸出

雖然內(nèi)置的庫(kù)對(duì)教學(xué)很有幫助，但研究人員想要可視化他們自己的數(shù)據(jù)——CrystalMaker可以做到。CrystalMaker X允許您從40多種不同格式導(dǎo)入數(shù)據(jù)，具有即時(shí)顯示和強(qiáng)大的定制功能。CrystalMaker可以處理多結(jié)構(gòu)文件，如DL_POLY HISTORY——使用CrystalMaker的synchronization和animation功能來(lái)快速理解結(jié)構(gòu)行為、晶格動(dòng)力學(xué)和可視化模擬軌跡。CrystalMaker也可以處理真正巨大的結(jié)構(gòu)。利用我們*特的“Depth Profiling”工具，快速掃描對(duì)大型結(jié)構(gòu)感興趣的區(qū)域——非常適合描述計(jì)算機(jī)模型的結(jié)果。




可導(dǎo)入的數(shù)據(jù)格式









可以使用一系列的輸出選項(xiàng)來(lái)與其他程序共享數(shù)據(jù)，保存結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)、鍵距、協(xié)調(diào)環(huán)境，甚至可以用您的數(shù)據(jù)構(gòu)建web頁(yè)面。




快速創(chuàng)建新的晶體和分子

使用CrystalMaker，您就可以創(chuàng)建任何一種晶體或分子結(jié)構(gòu)——快速而簡(jiǎn)單。內(nèi)置的對(duì)稱(chēng)處理和優(yōu)雅的空間組瀏覽器將使結(jié)晶學(xué)擺脫困境，程序?qū)⒆詣?dòng)生成所有的鍵和多面體。分子構(gòu)建較簡(jiǎn)單：點(diǎn)擊添加原子和鍵。使用新的Relax命令來(lái)較小化能量和優(yōu)化您的結(jié)構(gòu)。

CrystalMaker提供了廣泛的模型類(lèi)型，包括傳統(tǒng)的“球和棒”、空間填充、多面體、線框和熱橢圓。每個(gè)模型類(lèi)型都可以進(jìn)行廣泛的定制，可以選擇照片逼真的圖形或較簡(jiǎn)單的線條藝術(shù)顯示。CrystalMaker為數(shù)百萬(wàn)個(gè)原子、鍵和多面體提供連續(xù)的繪圖范圍設(shè)置。




出色的3 D圖形

CrystalMaker X采用業(yè)界良好的3D圖形，以驚人的、快速的像素實(shí)現(xiàn)**的視覺(jué)效果，并具有**的重疊校正和半透明性。在較新的Macs或Surface Pro設(shè)備上享受高分辨率的“Retina”圖形。保存出版物質(zhì)量的圖形——具有透明度——或者生成旋轉(zhuǎn)結(jié)構(gòu)或動(dòng)畫(huà)的迷人視頻。




實(shí)時(shí)操作

用鼠標(biāo)單擊并拖動(dòng)，使用鍵盤(pán)或工具欄。查看平行于一個(gè)向量或平面正態(tài)。利用觸控板的多點(diǎn)觸控旋轉(zhuǎn)和縮放功能，或者在空間中使用簡(jiǎn)單的手勢(shì)，使用一個(gè)跳躍動(dòng)作控制器。CrystalMaker for Mac——作為一個(gè)適合本地Mac應(yīng)用程序——為新MacBook Pro提供**的觸控桿界面，使用**的觸摸表盤(pán)、方向預(yù)設(shè)、滑塊旋轉(zhuǎn)和縮放。






多結(jié)構(gòu)動(dòng)畫(huà)

CrystalMaker是**個(gè)追趕靜態(tài)結(jié)構(gòu)的程序，讓您快速而輕松地探索結(jié)構(gòu)行為。只需將文件拖放到同一個(gè)窗口中，然后重新排列它們的縮略圖來(lái)構(gòu)建您的電影時(shí)間軸。操作和同步視圖，拖放縮略圖來(lái)重新排列它們，然后點(diǎn)擊播放按鈕并可視化動(dòng)畫(huà)。它并不止于此：CrystalMaker X允許您旋轉(zhuǎn)和縮放動(dòng)畫(huà)，改變它們的模型類(lèi)型，查看方向和模型設(shè)置。最后，您可以將您的動(dòng)畫(huà)導(dǎo)出為電影——用于web或演示。









創(chuàng)建引人入勝的教學(xué)內(nèi)容

CrystalMaker文檔可以保存多個(gè)結(jié)構(gòu)，每個(gè)結(jié)構(gòu)都有自己的圖形縮略圖。雖然一個(gè)明顯的應(yīng)用程序是用于結(jié)構(gòu)行為和動(dòng)畫(huà)，但您也可以保存相同結(jié)構(gòu)、不同模型類(lèi)型、原子范圍或相關(guān)結(jié)構(gòu)的不同視圖。由于每個(gè)結(jié)構(gòu)都可以有自己的注釋?zhuān)虼诉@是一個(gè)理想的教學(xué)工具——一個(gè)完整的交互式幻燈片，帶有可旋轉(zhuǎn)的3D模型，在上下文中呈現(xiàn)。課程中包含了如何構(gòu)建有吸引力的教育內(nèi)容的示例（例如，“構(gòu)建Quartz”、“構(gòu)建Spinel”）。

體積數(shù)據(jù)可視化

CrystalMaker X允許您將任意數(shù)量的3D數(shù)據(jù)集與當(dāng)前的結(jié)構(gòu)結(jié)合起來(lái)，每一個(gè)都有自己的視覺(jué)設(shè)置。您可以將從文本文件中導(dǎo)入的數(shù)據(jù)可視化，或者在程序中生成電子密度或孔隙度計(jì)算。






強(qiáng)大的測(cè)量功能

CrystalMaker提供易于使用的屏幕工具，用于測(cè)量協(xié)調(diào)環(huán)境——鍵距、角度、扭轉(zhuǎn)角度——只需點(diǎn)擊鼠標(biāo)，或滾動(dòng)不同的原子和鍵即可實(shí)現(xiàn)實(shí)時(shí)輸出。您還可以通過(guò)實(shí)時(shí)的半徑調(diào)整來(lái)可視化協(xié)調(diào)簇和殼，例如，用一只鼠標(biāo)構(gòu)建一個(gè)球形納米顆粒。詳細(xì)的鍵距和角度信息可以在屏幕上顯示，也可以導(dǎo)出到文本文件中。強(qiáng)大的距離資源管理器允許您以圖形方式可視化協(xié)調(diào)環(huán)境，圍繞任何元素或站點(diǎn)的組合。




分子模型和振動(dòng)模式

CrystalMaker X提供了一個(gè)強(qiáng)大的、*特的能量模型引擎，它可以讓您把粗糙的、手繪的分子結(jié)構(gòu)轉(zhuǎn)化為低能量的三維結(jié)構(gòu)。實(shí)時(shí)可視化放松——您甚至可以在它放松的時(shí)候旋轉(zhuǎn)您的模型。這項(xiàng)工作是與世界良好的英國(guó)科學(xué)家合作的一個(gè)為期三年的研究項(xiàng)目的成果。我們相信它能為您提供分子建模的較佳實(shí)用解決方案——只占競(jìng)爭(zhēng)對(duì)手產(chǎn)品成本的一小部分。




分子晶體工具

我們的口號(hào)是讓您“看得到樹(shù)上的木頭”，尤其是在處理復(fù)雜的分子晶體時(shí)。通常不僅僅是不對(duì)稱(chēng)的單元——開(kāi)始的包裝——而其他程序則在單位細(xì)胞邊緣與碎片分子作斗爭(zhēng)。

CrystalMaker X的**工具可以讓您顯示一個(gè)單元格的完整內(nèi)容，分離單個(gè)分子或顯示不對(duì)稱(chēng)單元。您可以修復(fù)“碎片化”的分子，沿原子較近的鄰居“增長(zhǎng)”繪圖范圍，并從復(fù)雜性上講得通。




轉(zhuǎn)換和晶體工程

CrystalMaker可以讓您轉(zhuǎn)換單元格，改變晶格類(lèi)型，建立一個(gè)supercell，移動(dòng)原點(diǎn)，或者應(yīng)用一個(gè)任意的矩陣變換。您還可以將單元投射到選定的晶格平面上，以創(chuàng)建一個(gè)“表面單元”。與傳統(tǒng)軟件不同的是，CrystalMaker有一個(gè)優(yōu)雅、易用的界面，有一些常見(jiàn)的選擇作為預(yù)設(shè)。

CrystalMaker的選擇工具可以讓您移動(dòng)、分離、復(fù)制、隱藏、刪除原子組。隱藏或修復(fù)分子碎片-隔離單個(gè)分子。在任何方向上顯示晶格層，將晶體切片，以調(diào)查表面或內(nèi)部的平面，并將一個(gè)結(jié)構(gòu)或分子放置在另一個(gè)結(jié)構(gòu)中。CrystalMaker的實(shí)時(shí)晶體工程工具讓您在您的水晶晶格中插入空間，在晶體中放置新的原子或整個(gè)分子，并設(shè)計(jì)新的水晶晶格。



3D打印和模型輸出

CrystalMaker允許您通過(guò)STL 3D文件導(dǎo)出選項(xiàng)（大多數(shù)3D打印機(jī)廣泛支持）打印您的3D模型。您還可以將任何結(jié)構(gòu)導(dǎo)出為自包含的COLLADA 3D文件，理想地與3D圖形軟件交換。較妙的是，您可以在iPad上查看您的CrystalMaker COLLADA文件！把您的文件放進(jìn)iBooks Author（從Mac app store免費(fèi)下載），然后發(fā)布到您的iPad上。




 

支持衍射

衍射條紋可以模擬任何顯示的晶體結(jié)構(gòu)，只要一個(gè)菜單命令——CrystalDiffract（粉末衍射）和SingleCrystal（x射線、中子和TEM單晶衍射）程序。SingleCrystal可以與CrystalMaker相連，所以當(dāng)您旋轉(zhuǎn)您的結(jié)構(gòu)時(shí)，它的衍射模式也會(huì)旋轉(zhuǎn)，反之亦然。




跨平臺(tái)

CrystalMaker有兩個(gè)不同的版本，分別是Windows（Windows 7-10），或者macOS（“Yosemite”到“High Sierra”）。Mac和Windows版本共享相同的二進(jìn)制文件格式和類(lèi)似的特性集，使得跨平臺(tái)工作和協(xié)作變得*。每個(gè)版本都是為各自的操作系統(tǒng)設(shè)計(jì)的，提供了真正的操作系統(tǒng)支持和較大性能。

*的支持

使用CrystalMaker很*——但是為了盡可能快地獲得較新的速度，我們還提供了一個(gè)方便的教程，旨在讓您熟悉基本的程序特性。在線幫助提供了對(duì)接口和功能的快速引用——并且對(duì)于較終的引用，我們包含了一個(gè)非常詳細(xì)的、有插圖的160頁(yè)用戶指南。這是用Adobe PDF格式提供的，便于搜索——并包含快速瀏覽的頁(yè)面縮略圖。



系統(tǒng)需求

? Requires a 64-bit PC with an OpenGL 3.2-capable graphics card (with latest drivers installed), running Windows 7, 8, 10 or 11 and .NET Framework 4.6 or later.

? Requires a Mac running macOS 10.12.2 "Sierra" to macOS 12.x "Monterey" (recommended)




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